O Setor de Guias é o responsável por interagir com o convênio, médico e paciente de forma a possibilitar as liberaçõers as autorizações dos atendimentos eletivos e de urgência de forma hábil.

O Setor de Contas Hospitalares é o responsável pelos lançamentos de honorários médicos e os materiais de alto custo. Os honorários são lançados conforme solicitação na ficha de cobrança de honorários preenchida pelo próprio médico. Também é responsabilidade do setor de a montagem de toda a cobrança que é enviada ao convênio, conferindo as autorizações encaminhadas pelo setor de Guias, as notas ficais encaminhadas pelo setor de suprimentos e o prontuário encaminhado pela enfermagem.

O Setor de Auditoria é responsável por analisar todas as glosas, separando as oriundas de erros de processos internos e as glosas que foram geradas indevidamente pelos convênios, tendo assim que serem recursadas para que hospital receba o que lhe é de direito. É responsável também pela orientação a todos os funcionários sobre os critérios de cada convênio. Além disso, recebe os auditores externos de cada convênio e debate in loco as glosas geradas indevidamente.